非小規模之獨資合夥企業自104年度起辦理營利事業所得稅結（決）、清算申報時，要以全年度應納稅額的半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額，計算應繳的稅額於申報前自行繳納；並以其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為獨資資本主或合夥人個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅；而小規模之營利事業，無須辦理結（決）、清算申報，但其營利事業所得額，仍維持現行課稅制度，由獨資資本主或合夥人列為個人綜合所得稅的營利所得，課徵綜合所得稅。

　該所舉例來說，A獨資事業，全年營利事業所得額為50萬元，在103年度的營利事業所得稅只須申報、不須繳納，但是必須把50萬元併入綜合所得稅中列為營利所得申報；但在新制104年度以後，A獨資事業申報營利事業所得稅時，必須先繳納全年應納稅額85,000元的二分之一（即42,500元），若有尚未抵繳的扣繳稅額，亦可再由應納稅額中減除。