自104年度開始，獨資合夥企業之獨資資本主或合夥組織合夥人，辦理營利事業所得稅結（決）算、清算申報時，要以全年度應納稅額的半數，減除尚未抵繳的扣繳稅額，計算應繳結算稅額於申報前自行繳納；並以其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為獨資資本主或合夥人個人綜合所得稅之營利所得，課徵綜合所得稅，且營利事業階段所繳納稅額不得抵繳綜合所得稅或申請退稅。 
    舉例，若獨資合夥企業104年度課稅所得額為50萬元，計算應納稅額為8萬5千元，其半數即4萬2千5佰元，經減除尚未抵繳的扣繳稅額2千5佰元，應繳營利事業所得稅額為4萬元；另其全年課稅所得額50萬元減除應納稅額半數4萬2千5佰元後餘額45萬7千5佰元，為獨資資本主或合夥人之營利所得，應一併報繳綜合所得稅。
    104年度獨資合夥企業之決（清）算已適用所得稅法修正後法令，提醒結束營業之非屬小規模獨資、合夥組織之營利事業，於辦理決（清）算申報時，應依修正後法令繳納應納稅額半數再辦理申報。如未於規定期限申報當期決算所得額或清算所得額者，稽徵機關將依查得資料核定所得額及計算應繳納稅額（計算式為：應繳納稅額＝核定課稅所得額x稅率x1/2－尚未抵繳之扣繳稅額）。