| 按所得稅法第15條規定，夫妻與合於規定得申報減除免稅額之受扶養親屬所得應合併報繳，即我國綜合所得稅制度係以家戶爲申報基本單位，惟遇特殊情況如婚姻關係仍存在而處於分居狀態之夫妻，爲兼顧法律規定及當事人之特殊情況，財政部98年即發布解釋函令，核釋如果夫妻於綜合所得稅結算申報書內註明已分居，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報，如經申請分別開單者，准依夫、妻之應納稅額占夫妻應納稅額比例計算各自應分攤之應納稅額，減除其已扣繳稅款、可扣抵稅額及自繳稅款後，分別發單補徵。但如果夫妻各自申報而都未填寫配偶資料及註明已分居，經稽徵機關歸戶合併後，其漏稅額除應予補稅外，並將另予處罰。
財政部中區國稅局表示，最近受理某宗行政救濟案例，納稅義務人葉君因與丈夫分居，報稅時2人個別申報但都有填寫配偶資料及註明已分居，該局復查決定即依據葉君之申請，分別計算2人應分擔之稅額，計算方式如下：
（一）夫妻分別申報之扶養親屬無重複者，依夫妻各按單身身分分別申報之綜合所得總額（Y1、Y2），依法減除列報之扶養親屬免稅額及扣除額後，分別核算夫之應納稅額（t1）及妻之應納稅額（t2）；若夫妻分別申報之扶養親屬有重複者，應先分別剔除重複申報之免稅額及扣除額後，再依前述規定分別核算夫之應納稅額（t1）及妻之應納稅額（t2）。
（二）以歸戶合併後全部應納稅額(T)，按下列比例計算：
夫應分攤之應納稅額（T1）=T×t1÷(t1+t2)
妻應分攤之應納稅額（T2）=T×t2÷(t1+t2)
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資訊來源:財政部台灣省中區國稅局
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