例如某公司組織之營利事業99年度獲配不計入所得額課稅之股利淨額1,000萬元，該年度經稽徵機關核定虧損為1,200萬元，其100年度純益額為2,000萬元，則依所得稅法第39條規定，自100年度純益額中扣除99年度核定虧損時，應將上述不計入所得額課稅之股利淨額1,000萬元，自該年度核定虧損1,200萬元中抵減後，再以其虧損之餘額200萬元，自100年度純益額2,000萬元中扣除。

該局呼籲，公司適用盈虧互抵規定，應將虧損年度不計入所得額課稅之股利淨額先行抵減核定虧損後，再以餘額自本年度純益額中扣除，以免遭稽徵機關調整補稅及加計利息。