營利事業遭受水災、火災等損失，應報請國稅局勘查核定，並將實際受損金額列報於結算申報書「災害損失」項下，如受有保險賠償，則應將取得之賠償金額列報於「其他收入」項下。營利事業之災害損失，如損失已申報而收入漏未申報時，漏報之賠償收入部分應補稅及送罰。
國稅局曾查得某營造公司漏未申報其興建中之工程水災損失之賠償收入，該公司主張實際水災損失金額大於理賠收入，故均未列報於結算申報書，並無漏報之情事。但該營造公司未依營利事業所得稅查核準則第102條第2款規定，檢具清單及證明文件報請國稅局派員勘查，並無確實證據證明其水災損失在建工程明細。因該發生損失之工程無結轉損失之紀錄，相關材料、人工及費用（包含水災前已投入部分）均已列報於工程成本，且該營造公司又無列帳以外之災害損失相關憑證等證明，因此國稅局就漏報之賠償收入補稅及處罰。
國稅局進一步說明，營利事業災害損失未報經派員勘查，如能提出確實證據證明其損失屬實，雖仍可核實認定，但將增加事後舉證之困難度。該局特別提醒營利事業萬一不幸發生災害損失，最好依規定報請國稅局勘查核定，並將實際受損金額及取得之賠償金額分別如實列報，以免遭補稅及處罰。