公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前十年各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。
財政部臺灣省中區國稅局最近查核99年度營利事業所得稅結算申報案件時，某家公司申報本年度純益額2,800萬元，因有適用前十年虧損扣除之條件，逕予扣除97年度虧損額700萬元後核算營利事業所得稅，而未先以97年度之投資收益500萬元先行抵減虧損額700萬元後，再以虧損之餘額200萬元，自本年度純益額2,800萬元中扣除後再核算營利事業所得稅。因該公司投資收益500萬元未先行抵減虧損額而遭國稅局補稅85萬元，併按所得稅法第100條之2規定加計利息一併徵收。
該局提醒公司組織之營利事業若屬會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經稽徵機關核定前十年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課。惟虧損年度有因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額應先抵減虧損後再以餘額盈虧互抵。