財政部臺灣省中區國稅局表示，該局於查核某公司98年度未分配盈餘申報案時，發現該公司帳載為累積盈餘，卻申報減除「彌補以往年度之虧損」，公司主張配合兩稅合一制度之實施，應將86年度以前之累積盈虧與87年度以後之累積盈虧分別列示計算，因該公司86年度以前為累積盈餘，而87年度以後為累積虧損，故98年度未分配盈餘申報減除該87年度以後之累積虧損。該局表示，依所得稅法第66條之9規定，營利事業計算其應加徵百分之十營利事業所得稅之未分配盈餘時，可減除彌補以往年度之虧損。所稱「彌補以往年度之虧損」，非僅限於87年度以後之虧損，亦應包括營利事業截至86年度止之累積盈虧，該公司截至97年底止帳載為累積盈餘，並無需予彌補之虧損，除剔除補稅外，並處所漏稅額1倍以下之罰鍰。
該局舉例說明：甲公司於計算98年度應加徵百分之十營利事業所得稅之未分配盈餘時，截至86年度止之累積盈餘為150萬元，87至97年度之累積虧損為120萬元，98年度稅後淨利為130萬元，若於「彌補以往年度之虧損」欄減除87年度以後累積虧損120萬元即屬錯誤，因其至97年度止帳載累積盈餘為30萬元，並無需予彌補之累積虧損。
另外，該局特別提醒營利事業，如以減資、股東往來、法定盈餘公積或資本公積彌補虧損，因非屬以當年度之盈餘彌補以往年度之虧損，故不可列為未分配盈餘之減除項目。