國稅局表示，營利事業所得稅結算申報所列報減除之各項成本、費用或損失、投資抵減稅額，超過稅法或其他法律規定之限制，致短繳自繳稅款，經稽徵機關核定補繳者，應自結算申報期限截止之次日起，至繳納補徵稅款之日止，就核定補繳之稅額，按日加計利息，一併徵收。
該局說明，有甲公司本期申報前10年虧損扣除額65,000,000元，依會計師簽證報告說明，該虧損扣除額係98年度經稽徵機關核定之虧損，惟經調閱甲公司98年度課稅資料歸戶清單查得同年度尚有不計入所得之股利淨額86,000,000元，依財政部66年3月9日台財稅第31580號函釋，虧損年度之投資收益應先抵減虧損後以餘額盈虧互抵，本案經抵減後已無虧損可供扣抵，經該局核定全數否准認列。
該局指出，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前10年各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益中扣除。
該局進一步表示，依財政部80年5月15日台財稅第800689244號函釋，前揭案例係屬調整補稅事項，可適用所得稅法第100條之2規定加計利息一併徵收，免依同法第110條規定送罰，即應依所得稅法第123條規定按當地銀行業通行之存款利率，郵政儲金一年期定期儲金固定利率加計利息。

資訊來源:財政部台灣省北區國稅局

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