營利事業交易其興建房屋完成後第一次移轉之房屋及其坐落基地，應有相關紀錄以確知自身營運狀況及獲利情形，於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依所得稅法及營利事業所得稅查核準則規定，以收入減除相關成本、費用或損失後計算房屋、土地交易所得額，並於稽徵機關進行調查或復查時，善盡協力義務，提示證明所得額之相關資料，供稽徵機關依帳證資料核實認定所得額。

舉例說明，甲公司111年度營利事業所得稅結算申報案件，列報其交易興建房屋完成後第一次移轉之房屋及其坐落土地之交易所得額新臺幣（下同）8百萬餘元，經該局調帳查核，因甲公司無法提示有關成本之帳簿文據資料供核，經該局依查得資料〔包括土地買賣合約書、甲公司分類帳及扣（免）繳資料、進項來源明細、中華民國不動產估價師公會全國聯合會第4號公報所附營造或施工費標準等資料〕核認出售房屋、土地之成本，費用則依甲公司提示之帳簿文據核實認定，核定甲公司111年度出售房屋、土地交易所得額3千5百萬餘元，並補徵稅額5百萬餘元。

提醒，營利事業於稽徵機關進行調查或復查時，倘未提示有關房屋、土地交易所得額之帳簿、文據，依所得稅法第24條之5第5項規定，稽徵機關應依查得資料核定，若無查得資料，則得依原始取得時房屋評定現值及公告土地現值按政府發布之消費者物價指數調整後，核定其成本；費用則按成交價額3%計算，並以30萬元為限。該局呼籲營利事業為維護自身權益，應依規定設帳、取得及保存合法憑證，並按帳證紀錄核實計算所得額申報納稅。